Wenn du noch die HSD machst, würde ich dir von dem Protokoll abraten. Das Training ist eher etwas für ein moderates Defizit (20-25% - oder auch maintenance kcal). Wenn der Maschinentrainings-Teil von dem Workout "noch gar nicht das Problem war", dann hast du mit sehr großer Wahrscheinlichkeit nicht intensiv genug traininert, um den gewünschten Effekt zu erzielen.
Als genereller Tipp: Wenn du mit einem Trainingsprotokoll (dann außerhalb der HSD) beginnst, welches ein Trainingsvolumen in einem gewissen Spektrum angibt (hier 20-40 Minuten), dann solltest du immer eher am unteren Ende des Spektrums beginnen und dich mit der Zeit hocharbeiten, und eher nicht gleich bei der ersten Einheit schonmal vorsichtshalber mehr machen, als laut Plan vorgesehen.
Physiologisch gesehen soll der Workout im ersten Teil die Glykogenspeicher möglichst schnell entleeren (was die Fettmobilisierung in "hartnäckigem Fettgewebe" durch Hormonausschüttung begünstigt) - diese Glykogenspeicher sind aber während der HSD relativ leer. Dein Körper hat dann kaum eine andere Möglichkeit, als Glucose aus Proteinen selbst zu synthetisieren, und dafür holt er sich das Protein aus den Muskeln, die du mit deinem Krafttraining während der HSD mühsam erhalten musst. Ein solches Programm ist also während der HSD (oder einer PSMF) eher kontraproduktiv (und ich bin eigentlich ein Befürworter von intensivem Zirkeltraining und HIIT Einheiten).